pohreb mal 21. augusta 1938. Bol pochovaný na ružomberskom cintoríne v hrobke jezuitov. Už 31.októbra 1938 však bola jeho rakva prenesená do novovybudovaného mauzólea neďaleko ružomberského kostola. Keď sa blížil ruský front a neďaleko mauzólea začali padať bomby, na príkaz prezidenta Tisa a ministra obrany Haššíka preniesli Hlinkovu rakvu do prezidentského paláca v Bratislave a odtiaľ do krýpt v Dóme sv. Martina. Pôvodný zámer bol preniesť ju do Salzburgu, o ktorom sa predpokladalo, že bude patriť do západnej zóny, ale postupujúci front z juhu tomu zabránil.
Po vojne navštívili dómske krypty príslušníci Národnej bezpečnosti. Krypty potom zostali zatvorené, v novembri 1961 ich ale vtedajší kapláni Jozef Minarovič a Imrich Cabaj tajne navštívili a v dvojitej rakve uvideli zabalzamované telo Andreja Hlinku. Asi o dva roky, keď sa už začali prípravy na stavbu Mosta SNP, navštívil Pavla Čarnogurského predstaviteľ stavebnej fakulty s tým, že Hlinkove telo by bolo dobré prebalzamovať. Ale známy chirurg Konštantín Čársky, ktorý býval hneď vedľa Dómu, skonštatoval, že to nie je potrebné.
Prišiel 21. august 1968 a do Dómu vtrhli Sovieti. Vojak, ktorý vošiel do krýpt, udrel pažbou samopalu do jedného hrobu v stene – a odtiaľ vypadla ľudská lebka. Zrejme v šoku utekal ďalej a keď v diaľke zazrel niečo lesklé, začal strieľať. Zasiahol sklenú časť Hlinkovej rakvy. Hlinkovo telo však už vtedy v rakve nebolo. Prázdna dvojitá rakva, aj s prestreleným sklom, je dnes v ružomberskom mauzóleu.
Okolo Hlinkovho hrobu existujú legendy, jeho miesto však nepoznáme. Možno preto, aby Hlinka i hrob zostali legendou.