v ľudskom čreve žije obrovská zbierka mikróbov. Podľa niektorých odhadov je to až niekoľko tisíc rôznych druhov. Väčšina obyvateľov tohto črevného mikrobiómu nespôsobuje choroby. V skutočnosti mnoho z nich vykonáva užitočné úlohy, ako je rozklad určitých sacharidov, vlákien či bielkovín, ktoré by ľudské telo inak len ťažko trávilo. Niektoré dokonca produkujú esenciálne zlúčeniny, ktoré si telo nedokáže samo vytvoriť, ako sú vitamíny skupiny B a mastné kyseliny s krátkym reťazcom, ktoré pomáhajú regulovať zápaly, ovplyvňujú imunitný systém a metabolizmus.

S rastúcim povedomím o mikrobióme sa regály obchodov so zdravou výživou zapĺňajú produktmi určenými na podporu prospešných baktérií. Tieto sa zvyčajne delia do dvoch kategórií: probiotiká, kapsuly obsahujúce živé (ale lyofilizované) baktérie, ktoré sa teoreticky po vstupe do čreva opäť prebudia a prebiotiká, tabletky vyrobené z vlákien, ktorými sa prospešné baktérie živia.

Existujú dobré vedecké dôvody na starostlivosť o svoj mikrobióm. Rozmanitá zmes črevných baktérií, vrátane množstva tých dobrých, má zrejme široké zdravotné výhody. Rozmanitá mikrobiálna populácia dokáže odraziť patogény, ako je E. coli , tým, že s nimi súťaží o živiny a priestor. Znížená rozmanitosť sa naopak spája s obezitou, cukrovkou 2. typu a syndrómom dráždivého čreva. Existujú tiež dôkazy o tom, že väčšia rozmanitosť mikrobiómu, ako aj vyšší celkový počet mikróbov, sú spojené s lepším zotavením sa po operácii gastrointestinálneho traktu.