opozičné hnutie Progresívne Slovensko (PS) tvrdí, že výzvy z Plánu obnovy v hodnote 58 miliónov eur určené na podporu výskumu a vývoja v oblasti digitálnej transformácie sú netransparentné a „smrdia zlodejinou“. Na Generálnu prokuratúru SR a aj na Európsku prokuratúru podáva trestné oznámenie. Podľa poslanca za PS Jána Hargaša existujú vážne podozrenia z manipulácie hodnotiaceho procesu a z konfliktu záujmov niektorých hodnotiteľov. Tí mali podľa jeho slov pôsobiť aj vo firmách, ktoré sa o podporu uchádzali. Hodnotitelia mali postupovať podľa príručky, ktorá im však nebola doručená a mala byť vypracovaná dodatočne. Povinné školenia údajne neabsolvovali všetci hodnotitelia. Otázniky podľa neho vyvoláva aj to, že vedenie rezortu si malo vyžiadať zoznam hodnotiteľov konkrétnej výzvy.
Hargaš kritizoval, že finančnú podporu majú získať firmy s minimálnou ekonomickou aktivitou. Ako príklad uviedol spoločnosť Forecast AI s tržbami jedno euro v roku 2024, ktorá má získať viac ako milión eur. Trust Identity má dostať takmer päť miliónov eur, Trexima Bratislava približne 400-tisíc eur. FIM Consult získala 1,3 milióna eur napriek tržbám pod 30-tisíc eur. Dotácie majú smerovať aj spoločnostiam Adit Agency a Elúzia s.r.o., pri ktorých PS poukazuje na krátku históriu výskumno-vývojovej činnosti.
Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie (MIRRI) obvinenia odmieta. Rezort tvrdí, že hodnotenie výzvy prebehlo v súlade so zákonnými pravidlami a mechanizmami Plánu obnovy, ktoré podliehajú viacúrovňovej kontrole na národnej aj európskej úrovni. Zdôrazňuje, že ešte pred odborným hodnotením prešli všetky žiadosti vecnou aj reputačnou kontrolou, vrátane preverovania vlastníckych väzieb a možných konfliktov záujmov. Hodnotitelia podľa rezortu podpísali čestné vyhlásenia o neprítomnosti konfliktu záujmov a boli vyberaní štandardným postupom.
Ministerstvo zároveň pripomenulo, že minister Samuel Migaľ v minulosti zastavil inú výzvu pre vážne pochybnosti o niektorých projektoch a možných personálnych prepojeniach. „Pre kontext je ešte dôležité pripomenúť, že súčasné vedenie MIRRI zároveň odhalilo a podalo podnety v siedmich prípadoch podozrení zo zneužitia európskych prostriedkov, zneužitia právomoci verejného činiteľa a porušovania pravidiel verejného obstarávania počas pôsobenia Jána Hargaša na rezorte, ako aj v jednom prípade, ktorý sa týka priamo bývalého štátneho tajomníka. Dnešnú tlačovku preto rezort vníma skôr ako pomstu, než konštruktívnu kritiku,“ uviedlo MIRRI vo svojej reakcii.