.po moháčskej katastrofe vyhnali Židov z Prešporka a oni sa v priebehu 17. storočia usadili na hradnom kopci. Komunita (odhadom 100 rodín) v Prešporku narástla aj vďaka príchodu exulantov vyhnaných z Viedne po 1670. S ňou prišla aj potreba rituálne pochovávať zosnulých. A tak založili pohrebné bratstvo Chevra Kadiša a židovský cintorín na dunajskom nábreží, kde pochovali vo viacerých vrstvách približne dvetisíc duší. Tento cintorín zanikol v polovici 19.storočia a židovská obec založila nový, doteraz používaný, na Žižkovej ulici, ktorý neskôr dostal pomenovanie ortodoxný. Židia sa starali o oba cintoríny.

Dobré časy prvej Československej republiky vystriedalo zlo slovenského štátu. Začala sa stavba tunela pod Bratislavským hradom a starý cintorín zrazu „zavadzal“. V čase prvých deportácií nahnala vláda židovských mladíkov na nútené práce: asanáciu starého cintorína. Pod dohľadom Hlinkovej gardy chlapci vynášali často rozlámané náhrobníky na nový cintorín. Pamätníci spomínajú, že gardisti im „pomáhali“ obuškami. Väčšina židovských chlapcov následne skončila v koncentrákoch.